Wydział Konserwacji Zabytków powstał po połączeniu w 1950 roku dwóch jednostek organizacyjnych należących do Akademii Sztuk Pięknych i Wyższej Szkoły Sztuk Plastycznych: Zakładu Technologii i Technik Malarskich założonego w 1936 roku w ASP przez doc. Jana Hoplińskiego oraz Studium Konserwacji Zabytków zorganizowanego w 1947 roku przy WSSP przez prof. Wiesława Zarzyckiego, przy współpracy prof. Władysława Cholewińskiego. Założycielami i organizatorami nowo powstałego Wydziału byli wiec profesorowie obu Uczelni, oprócz wymienionych (prof. Zarzycki zmarł w roku 1949 w trakcie prac organizacyjnych) także Marian Słonecki i Józef E. Dutkiewicz (obaj z WSSP). Prof. dr Józef E. Dutkiewicz, twórca merytorycznej koncepcji studiów na Wydziale, był jego pierwszym i wielokrotnym dziekanem.

Wydział od początku swego istnienia miał dużą autonomie w zakresie przedmiotów zawodowych, niemniej przez cały czas swojej działalności zachował organiczną więź z macierzystą Uczelnią, głównie w zakresie kształcenia ogólnoplastycznego. Przez dłuższy czas funkcjonował jako rodzaj 2-3 letniej specjalizacji zawodowej po zaliczeniu pierwszych trzech lat studiów na Wydziałach: Malarstwa i Grafiki lub Rzeźby a w latach 1956– 1972 był nawet formalnie wcielony, jako Studium Konserwacji Dzieł Sztuki do Wydziału Malarstwa i Grafiki. Ostatecznie w roku 1972 doszło do pełnego usamodzielnienia sie Wydziału w ramach Uczelni, przejawiającego się odrębnym naborem na studia konserwatorskie. W ciągu przeszło 60 lat swego istnienia Wydział podlegał różnym przekształceniom i zmianom organizacyjnym. Stosunkowo wcześnie utrwaliła się jego podstawowa struktura z dwoma zespolonymi Katedrami Malarstwa: Sztalugowego (prof. Słonecki) i Ściennego (prof. Dutkiewicz) oraz Katedrą Technologii i Technik Malarskich (prof. Hopliński).

We wczesnym okresie historii Wydziału podejmowano próby utworzenia oddzielnych katedr konserwacji rzeźby (1952–1954 i 1961–1965 – Wiesław Łabędzki, Krystyna Borkowska, Paulina Wojtyna) oraz konserwacji grafiki, papieru i książki (doc. Stanisław Jakubowski, dr Robert Jahoda). Jako przedmioty dodatkowe prowadzono m. in. wykłady z teorii i historii konserwacji (profesorowie Józef E. Dutkiewicz i Władysław Ślesiński), z historii sztuki polskiej (profesorowie: Karol Estreicher, Lech Kalinowski, Piotr Krakowski, Juliusz Ross, Maria Dayczak-Domanasiewicz) i chemii (Maria Wejman).

W latach 60. minionego wieku nastąpiła istotna wymiana kadry dydaktycznej. Miejsca profesorów – założycieli Wydziału objęli ich wychowankowie: Zofia Medwecka (II Katedra Konserwacji Malarstwa Sztalugowego i Rzeźby Drewnianej Polichromowanej), Władysław Ślesiński (III Katedra Technologii i Technik Konserwatorskich Dzieł Sztuki), Władysław Zalewski (I Katedra Konserwacji Malowideł Ściennych i Rzeźby). W związku z rozwojem technologii i technik konserwatorskich rozbudowie uległa baza badawcza, szczególnie w zakresie zastosowań nauk ścisłych. W 1962 roku zorganizowano pracownie: Fizyki Stosowanej (dr Maria Ligęza) i Chemii Stosowanej (mgr inż. Roman Biliński). Wprowadzono również dodatkowe przedmioty z zakresu mikrobiologii technicznej (prof. Bolesław Smyk), petrografii (prof. Andrzej Oberc), preparatyki technicznej (prof. Maria Niedzielska).

Strukturę organizacyjną Wydziału wzbogaciło powstanie w roku akademickim 1975/1976 IV Katedry Kształcenia Ogólnoplastycznego z pracowniami: rysunku (doc. Eugeniusz Waniek, kierownik Katedry), malarstwa (ad. Krystyna Grzybowska) i rzeźby (doc. Tadeusz Ostaszewski).

W latach osiemdziesiątych, pomimo trudnej sytuacji materialnej, podjęto wysiłek utrzymania wysokiego poziomu kształcenia i realizowania w pełni wypracowanego przez lata programu nauczania. Dowodem wysokiego poziomu kształcenia krakowskiej szkoły konserwatorskiej są sukcesy jej wychowanków odnoszone prawie we wszystkich krajach Europy, w Kanadzie i Stanach Zjednoczonych oraz obecność na Wydziale studentów zagranicznych (Erasmus).

Obecna nazwę – Wydział Konserwacji i Restauracji Dzieł Sztuki – wprowadzono w roku 1992 w ramach ujednolicenia nazewnictwa w artystycznym szkolnictwie konserwatorskim.

Obecnie w strukturze Wydziału funkcjonuje pięć katedr, dwa zakłady, biblioteka, archiwum i Galeria „4 ŚCIANY”. W kolejności są to: Katedra Konserwacji i Restauracji Malowideł Ściennych, Katedra Konserwacji i Restauracji Malowideł Sztalugowych, Katedra Konserwacji i Restauracji Rzeźby, Katedra Technologii i Technik Dzieł Sztuki, Katedra Sztuk Pięknych (do roku 2014 Katedra Kształcenia Ogólnoplastycznego; zakłady: Zakład Chemii Fizyki Konserwatorskiej (powstał w 2014 roku z połączenia Zakładu Chemii Konserwatorskiej i Zakładu Fizyki Stosowanej). Ostatnie lata charakteryzuje rozwinięcie zaplecza badawczego pozwalającego na badanie obiektów zabytkowych metodami nieinwazyjnymi (nieniszczącymi) takimi jak: mikroskopia fluorescencyjna, spektrometria fourierowska w podczerwieni z nieinwazyjnym modułem refleksyjnym (przystawka niedotykowa), mikroskopia elektronowa ze spektrometrem EDS, spektrometria fluorescencji rentgenowskiej (przenośny XRF, makro skaner XRF), rentgenografia, fotografia luminescencji wzbudzanej UV, reflektografia IR.